Tente remover o gconf-editor e todos os seus arquivos de configuração e, em seguida, reinstale-o.
sudo apt-get --purge remove gconf-editor
sudo apt-get install gconf-editor
Se isso não funcionar, você deve excluir a configuração antiga, pois isso pode causar muitos problemas, incluindo esse. Eu também tenho uma partição / home separada, mas sempre apago pastas / arquivos de configuração ao atualizar para uma nova versão.