Parece que você editou o arquivo no Windows, que usa uma codificação diferente para as novas linhas. O Git for Windows inclui uma opção para converter os caracteres de nova linha quando você confirmar. O GitHub documentou isso aqui: link
Para alguns arquivos, embora a formatação seja preservada no IDE (uso o Sublime Text Editor btw), quando faço uma alteração e, em seguida, abro o Github Desktop para verificar as alterações, a formatação é perdida.
Ainda estou para descobrir por que isso acontece com um arquivo específico e nem todos os arquivos. Quaisquer entradas?
Parece que você editou o arquivo no Windows, que usa uma codificação diferente para as novas linhas. O Git for Windows inclui uma opção para converter os caracteres de nova linha quando você confirmar. O GitHub documentou isso aqui: link