Geralmente, os arquivos virais devem ser executados para fazer seu trabalho.
Portanto, seria necessário haver arquivos no HDD que contivessem vírus que pudessem funcionar no Linux e você teria que executá-los para que houvesse qualquer risco.
Conectar a unidade em uma caixa Linux deve permitir que você execute um antivírus nos arquivos antes de trabalhar neles, protegendo ainda mais você.