Por fim, consegui excluir a conversa em todos os dispositivos via web.skype.com. Esta opção está faltando no Android. Inicialmente, o bot não estava visível no web.skype.com e eu não consegui adicioná-lo (o bot ainda não foi publicado). Eu apaguei o contato bot do Android Skype e o li. Então apareceu em web.skype.com.