Encontrou um artigo que descreve o formato PDF . Agora parece que posso fazer um simples script NodeJS para fins de edição básica. Pelo menos o reordenamento de páginas parece ser o mais fácil, porque tudo que eu preciso (não testado ainda) é reorganizar as referências (Kids) em <</Type/Pages ...>>
do objeto.
UPDATE Referências reorganizadas manualmente na matriz mencionada acima. Falha ao substituir o original usando o editor de texto, pois ele tenta converter a codificação em objetos de fluxo quebrando-os. Substituiu-o usando o script NodeJS. Feito. Infelizmente, esta não é a maneira 'SuperUser' para resolver o problema ...