Existem várias maneiras, dependendo do que você deseja. Vou dividir o post em vários objetivos, mesmo que você já tenha declarado qual é o seu objetivo. Isso é mais para outras pessoas que encontrarem este post e talvez você mude de estratégia e decida usar uma das outras opções.
Mesclar pastas em um novo local
Vou começar com o que você quer alcançar. Basicamente, você pode simplesmente copiar as pastas da unidade 1 para a unidade 3, depois repetir o processo para a unidade 2 e copiá-las para a unidade 3. Na segunda vez, o Windows dirá: ei, essa pasta já existe. Você deseja substituir? Ao dizer sim, ele substituirá as pastas e mesclará o conteúdo antigo e o novo juntos. Se um arquivo com o mesmo nome existir nas duas pastas, ele perguntará novamente se você deseja substituir, ignorar ou renomear. Dependendo de quais são os dados, escolha a melhor opção para você.
Mostrar o conteúdo de 2 locais como se fossem 1 local
A partir do Windows 7, você pode adicionar uma biblioteca. Uma biblioteca é uma coleção de pastas que é mostrada como uma pasta enorme, dividida pelas pastas. A beleza desse princípio é que você pode alternar para grupo por local ou classificar em nome de arquivo, ou mais, dependendo do que você precisa naquele momento.
Basta clicar com o botão direito do mouse na pasta que você deseja ter em uma biblioteca, escolher incluir na biblioteca e escolher criar nova biblioteca. Dê um nome a ele e repita o mesmo com outra pasta que você deseja incluir nessa biblioteca, mas em vez de escolher criar nova biblioteca, selecione a biblioteca recém-criada.