A ferramenta devilspie
(disponível em 12.04 a partir do repositório) pode atuar em janelas novas ou já existentes, de uma forma pelo menos semelhante à que você deseja.
Você precisará criar um arquivo de configuração, por convenção, algo como .devilspie/my-app.ds
. A linguagem de configuração é uma abominação mal documentada no estilo lisp, mas deve ser capaz de fazer o que você quer.
Você precisa de uma maneira de (i) identificar sua janela e (ii) decidir sobre a ação. Se, por exemplo, o título da sua janela contivesse "meu-aplicativo" e você quisesse sempre colocar essa janela no segundo espaço de trabalho, esse arquivo conteria:
(if (contains (application_name) "my-app") (set_workspace 2))
Em seguida, inicie-o: devilspie -a ~/.devilspie/my-app.ds
e ele deve atuar nas janelas atuais e futuras (sem -a
apenas em futuras janelas).
Isso pode não ser exatamente o que você deseja, por exemplo, (minimize)
em vez de (set_workspace 2)
talvez seja melhor para você. A man page tem uma lista de todos os símbolos e seus significados, espero que você encontre uma solução lá.