man rsync
diz:
-c, --checksum skip based on checksum, not mod-time & size
No entanto, isso pode ter um impacto no desempenho.
Tanto quanto eu posso dizer, se você também usa:
-t, --times preserve modification times
os carimbos de data / hora de modificação no destino são atualizados mesmo se o arquivo não for copiado devido a uma soma de verificação idêntica.