Eu tive o mesmo problema, eu decidi olhar para a chave pública para o usuário root, ele tinha a seguinte aparência "rsa-ssh SEU nome CHAVE do arquivo .pem" em uma linha, a chave pública gerada pelo putty de .pem para o novo usuário parecia diferente: os comentários e a chave foram escritos em cerca de 6 linhas quando editei a putty key como root e copiei em /nome/nevuser/.ssh/authorizade_key it work