Qualquer cliente POP3 ou cliente IMAP para esta caixa postal afetada?
Parece estranho se a mensagem desaparecer for irregularidade. Para diminuir esse problema, tente remover todos os clientes dessa caixa de correio e deixe apenas o OWA. (deve ser bom para uma nova conta de teste, se podemos reproduzi-lo)
Se estiver tudo bem no OWA, então usaremos o método exclusivo para restringi-lo. (começa a configurar o Outlook ou o cliente ActiveSync um por um)
Se o problema persistir no OWA, abra o IIS para comparar a conexão do cliente e também a ação no log de auditoria.