Sim, dd é a ferramenta que você está procurando, se você quiser fazer backup de toda a partição. O comando é bem simples. O dispositivo if é sua / partição (provavelmente / dev / sda1), a de é sua partição de backup no HDD (no meu exemplo / dev / sdb2):
dd if=/dev/sda1 of=/dev/sdb2 bs=1M
Defina as partições que você realmente tem no seu sistema!
No entanto, como você está fazendo isso no sistema live, o backup não pode ser 100% confiável, pois o sistema pode gravar algo quando o backup é executado e essas informações não são propagadas para a partição de backup. Em 99% não importa e o fsck deve recuperar o sistema de arquivos muito bem.
A outra opção pode ser rsync. E também deve ser mais rápido. Mas, novamente, é o sistema de arquivos ao vivo ...