O Windows To-Go usa uma unidade externa e restringe o acesso aos discos locais.
Tudo o que você fará é instalar os drivers neste disco rígido externo. Não deve causar nenhum conflito e, se ocorrer, esses casos são extremamente raros.
Na pior das hipóteses, você não poderá usar uma parte do hardware porque os drivers entram em conflito com os drivers já instalados que você usa em outro computador. O próprio Windows carregará bem.
Os computadores em si não são afetados. A idéia por trás do Windows To-Go é que você pode fazer isso, então sim, ele funcionará em 99% dos casos sem nenhum problema.