Eu tentaria essa ferramenta (comercial, paga):
Além da comparação 3
OBeyond Compare é um utilitário poderoso para economizar tempo na comparação de arquivos e pastas. Use-o para gerenciar o código-fonte, manter as pastas sincronizadas, comparar a saída do programa e validar cópias de seus dados.
Além da comparação, você pode criar um instantâneo de uma estrutura de diretório ativo e compará-lo com a cópia ativa em uma data posterior. O Beyond Compare ajuda você a analisar as diferenças em detalhes e reconciliá-las cuidadosamente.
Ele comanda uma ampla gama de operações de arquivos e texto, bem como comandos de script para automatizar tarefas.