Esse tipo de trabalho para o Outlook 2016.
Depois de exportar o email do Thunderbird no formato eml, execute o seguinte comando (altere o número do escritório para o seu caso não seja o Outlook 2016):
"C:\Program Files (x86)\Microsoft Office\root\Office16\OUTLOOK.EXE" /eml "path/to/file.eml"
Esta opção pode ter sido negligenciada pela Microsoft, mas se o resultado for
aceitável (ou pode ser ajustado), faça File / Save As
para salvar em formato msg.