Sua melhor opção seria provavelmente desabilitar a combinação de teclas Shift + Caps Lock mapeando-a para não fazer nada. Dessa forma, toda vez que você digitá-lo por engano, não faz nada. Eu não tentei, mas aqui é algo que pode ajudar.
Após alguns testes, posso recomendar as seguintes alternativas:
1. Defina o seu "Key (s) para alterar o layout" para "Caps Lock (para o primeiro Layout), Shift + Caps Lock (para o último Layout)" e colocar seus 2 idiomas na ordem correta para que o seu Caps Lock alterações e Shift + Caps Lock muda de volta. (No entanto, estou supondo que isso não funcionará, pois você pressiona Shift + Caps Lock por engano)
2. Defina a sua "Key (s) para alterar o layout" para "Shift + Caps Lock" em seu lugar. Pelo menos dessa maneira você está mais consciente do seu erro.
Espero ter ajudado.