O protocolo SSH / SFTP padrão não usa certificados. Apenas um par de chaves simples.
Existe uma implementação proprietária no OpenSSH que permite o uso de certificados:
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Mas isso é implementado apenas pelo conjunto de ferramentas OpenSSH (cliente e servidor).
WinSCP, FileZilla ou PuTTY (e outros) não suportam este método de autenticação proprietário.
Mas o seu servidor não parece ser OpenSSH. Portanto, as informações que você tem um certificado podem estar erradas.