Até onde eu sei, isso não é configurável para o novo alternador de janelas que faz parte do Unity na versão 11.10.
Pessoalmente, corrijo isso desativando os atalhos para o novo switcher integrado e usando um alternador de janela diferente. Existem pelo menos 4 outros plugins de switcher de janela / aplicativo no Compiz e a maioria (ou todos?) Dos outros switchers podem ser configurados para mostrar todas as janelas ou apenas aquelas na área de trabalho atual.
Você pode editar a configuração do Compiz ao instalar o compizconfig-settings-manager & execute o "Gerenciador de configurações do CompizConfig".
Uma vantagem adicional é que esses alternativos realmente funcionam e mostram todas as janelas de aplicativos (incluindo os de aplicativos Java e alguns aplicativos legados, que por algum motivo não são mostrados pelo switcher Unity).