Tudo é simples, se você souber como. ;)
Em uma nota séria, você não mencionou qual versão do Windows está sendo instalada. Mas se é 7 ou posterior, o próprio processo de instalação permitirá que você configure o particionamento. Depois de fazer backup dos seus dados, basta inicializar a partir do DVD do Windows e executar o processo de configuração. Quando chegar ao ponto em que você pode escolher entre "Upgrade" e "Custom", escolha "Custom" (a menor das duas opções). Em seguida, ele perguntará onde você deseja instalar o Windows. Você pode excluir as partições existentes e, quando tiver excluído tudo, deverá dizer apenas a Partição do Drive 0 1. Escolha essa para o local da instalação. Ele criará automaticamente uma partição de inicialização de 100 MB, mas tudo bem.
Como mencionei, certifique-se de fazer backup de todos os seus dados importantes antes de começar .