Aparentemente, as "Propriedades do documento" não são a maneira mais precisa de determinar se todas as fontes estão incorporadas. Para saber com certeza, use a ferramenta "Comprovação" (Ferramentas - > Produção de impressão - > Comprovação), que pode verificar fontes não incorporadas.
No meu caso, o Preflight indicou que todas as fontes foram incorporadas (apesar do que foi dito em Propriedades do documento), e meu editor confirmou que o PDF tem todas as fontes incorporadas.