A solução está alterando o nome do arquivo de saída para .ts. O comando é então:
ffmpeg -y -i test-1.mpeg -scodec copy -vcodec copy -c:a copy -map 0 -ss 00:00:10.000 -t 00:00:10.000 test-1-cut.ts
O arquivo .ts pode ser reproduzido a partir do horário inicial.
Eu não sei porque funciona. Esta solução foi sugerida pelo desenvolvedor do add-on kodi que eu estava usando.