Eu encontrei a opção que eu estava procurando na página man finalmente:
-FS (ou --filesync )!
Então, por exemplo:
zip -FS9ryo archive.zip directory_to_compress/*
sincronizará completamente -FS o que está na pasta "directory_to_compress" com o arquivo archive.zip (não importa se você criou, excluiu ou atualizou arquivos nesse diretório); ele será compactado com o nível máximo de compactação -9 ; ele irá recorrer aos subdiretórios -r ; armazenar links simbólicos como estão e não como arquivo referenciado e definir a data do arquivo zip para o arquivo mais recente em dir -o .