Parece que as opções --above , --below , --right-of e --left-of não são compatíveis com --pos .
Aparentemente, --pos tem precedência mais baixa e os outros assumem (um aviso teria sido bom).
Modificando meu comando e removendo a parte --above funciona:
$ xrandr --output DP-1 --auto --primary --pos 0x0 --output eDP-1 --pos 940x1200 --verbose
screen 0: 2860x2280 755x602 mm 96.20dpi
crtc 0: 1920x1200 59.95 +0+0 "DP-1"
crtc 1: 1920x1080 59.93 +940+1200 "eDP-1"