Depois de tentar várias opções, isso é o que funcionou para mim. Não é exatamente o que eu estava procurando, mas consegui salvar minhas anotações.
Eu usei o OneNote 2016 (não o gratuito) para exportar todas as minhas seções para arquivos.
Nota: Você não pode fazer isso para o notebook inteiro, felizmente você pode exportar seções inteiras. (Pequenas misericórdias) .
Estes aparecem como 'Open Sections'. Uma vez eu tinha exportado todas as minhas seções. Eu os copiei um por um das 'Open Sections' para outro notebook. Eu sincronizei este caderno e foi isso.