É provável que o "executável" do jogo realmente lance outra coisa, ou que o jogo esteja alterando o título / classe da janela ou algo do tipo e, assim, confundindo libamf (e por extensão Unity). Eu não acho que há nada que você possa fazer para corrigir isso (diretamente), mas você pode relatar um bug contra o Unity.
Os relatórios de bugs deste tipo são geralmente apreciados pelos desenvolvedores.