1) Funcionalidade, sim para o básico (CPU / disco / display). As coisas ficam mais complicadas quando se trata de vídeo 3D, interfaces de rede e USB (o que a VM realmente não vê), mas na prática raramente importa .. Em teoria, o acesso ao disco é mais lento, na prática, a menos que a VM execute E / S programas vinculados você não notará a diferença.
2) Normalmente você usa pastas compartilhadas. Não há necessidade de partições.
3) Depende muito do que você quer fazer. É uma VM, então quanto menor, melhor. Se você quiser ter a sensação de uma UI completa do Linux, você terá que instalar uma distro "regular" (Ubuntu, Mint, Fedora), mas se for para executar coisas como servidores, há mais Distribuições de peso .