Você não especificou qual versão do macOS você está usando, mas na Sierra, clique no sinalizador e selecione o item de menu "Ocultar nome da fonte de entrada".
Eu tenho 2 fontes de entrada em inglês (EUA) e persa (layout padrão).
Eu costumava ver apenas as bandeiras enquanto alternava entre esses dois teclados. Mas depois de um tempo está mostrando o nome também; e fazendo a barra de menu parecer desordenada (especialmente quando está em persa), confira a imagem:
Como faço para remover os nomes da barra de menus e manter apenas os sinalizadores?
ATUALIZAÇÃO: Estou usando o macOS Sierra 10.12.6