Não, o seu antivírus ou outros programas não são capazes de fazer nada se você inicializar a partir do Clonezilla Live.
Um chkdsk completo geralmente leva horas e só será reparado se você usar o parâmetro /R . Você fez isso? Todos os verificadores de disco só valem a pena, se eles são inicializáveis ou se você iniciá-los a partir de um CD ao vivo. Fora das janelas, eles nunca irão verificar o disco rígido inteiro e seu setor defeituoso pode estar em algum lugar onde eles não possam verificar.
Parece que seu HDD está danificado (de verdade).
Para forçá-lo a funcionar, você pode usar o parâmetro -icrc (ignore crc checking) no Clonezilla, mas não tenho certeza se essa é uma opção útil se ele não conseguir ler o setor.
Depois do acidente, você só pode cancelar e não continuar?
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