Achei esta discussão realmente interessante (e antiga) sobre alguém com um problema semelhante.
Nigel Bree explica que os softwares de backup e restauração não sabem em que código de inicialização eles devem copiar ao restaurar um backup em uma unidade. Uma das três opções possíveis deve ser escolhida, quais sejam:
- Mantenha o código de inicialização atualmente presente na unidade
- Copie um bootcode seguro que deve funcionar na maioria dos casos (mas é diferente do código de inicialização de origem ou de destino)
- Copie o código de inicialização que foi salvo durante o backup
A maioria das soluções de software não pergunta ao usuário qual solução é a preferida e usará uma opção padrão, que em alguns casos pode não funcionar.
Além disso, no terceiro caso, alguns programas não copiarão registros de inicialização multi-setorizados e, portanto, restaurarão apenas o primeiro setor desses códigos de inicialização especiais, quebrando-os no processo.
Se esse é o problema, criar um setor, setor por setor, copiar a unidade e restaurá-la da mesma maneira pode ajudar a manter a trilha de inicialização intacta. No entanto, suponho que os discos ou cartões de origem e de destino precisem ser idênticos em tamanho e geometria. Alguns programas permitem copiar e restaurar toda a faixa de inicialização inalterada para alterações na geometria, como parece ser o caso no Ghost.
Alguns outros possíveis problemas surgem quando o disco é interpretado como tendo a geometria errada (seja linear, como armazenamento flash ou girando, como discos rígidos convencionais) no backup ou restauração. Vou deixar você ler a fonte para obter todas as sutilezas dela.