Há um problema (aparecido não muito tempo atrás) em como o Goggle lida com mensagens assinadas de S / MIME.
Por favor, verifique os seguintes tópicos: link
Parece que o Google de alguma forma pós-processa esses e-mails em favor das contas do G Suite.
Eu uso a extensão gratuita do Fossa Guard para o Chrome (acompanhada de certificados X.509 gratuitos) para trocar mensagens S / MIME no Gmail na Web.