O mais provável é que você esteja faltando alguns estágios de configuração: Uma porta serial possui alguns parâmetros (taxa de transmissão, comprimento de bit, contagem de bits de parada, paridade, controle de fluxo) que precisam ser definidos com os valores corretos.
Eu suspeito que você não os tenha configurado, resultando que suas gravações não podem ser lidas pelo dispositivo. O "software de terceiros", em seguida, define-os, resultando em mais gravações para ser legível.
Confira o comando mode
, isso pode ajudá-lo.