When I try to generate the automatic TOC it is including body text that I have not highlighted when applying heading styles.
Esse comportamento certamente se deve ao fato de o texto ofensivo ter um estilo de nível de estrutura de tópicos aplicado, talvez apenas a uma pequena parte do parágrafo.
Tente redefinir o estilo do texto do corpo ofensivo e depois aplique novamente o estilo que ele deve ter. Isso deve resolver isso.