Usando a caixa de diálogo Substituir :
-
Encontre o que:
\b(word1|word2|word3)\b
-
Substitua por:
,
-
Modo de pesquisa: expressão regular
Limitação: "Encontre o que" pode ter até 2000 caracteres, então você precisará de mais passes, por exemplo, fazendo suas 5000 palavras em 25 grupos de 200.