Primeiro, faço uma cópia das pastas da caixa de correio que você encontrou. Basta fazer uma cópia na sua área de trabalho ou em outra pasta para não perdê-los por engano.
Em seguida, você poderá importar essas mensagens de volta para o Thunderbird. Você não pode importar diretamente para uma conta IMAP, mas pode criar uma conta POP secundária para importar e arrastar e soltar as mensagens para sua conta IMAP.
Então, você abriria o Thunderbird, adicionaria uma caixa de correio genérica - não precisa realmente funcionar. Em seguida, selecione a caixa de entrada e clique com o botão direito para importar. Navegue até as pastas da caixa de correio para as quais você fez uma cópia e importe as mensagens.
Veja as instruções da Mozilla para fazer a importação: link
Você pode querer copiar as pastas de e-mail para um dos computadores que já sofreram a bagunça para proteção adicional. Dessa forma, se algo der errado, você ainda sabe que não abriu o Thunderbird no computador 'bom'.