Sem uma imagem, é difícil dizer, mas os discos rígidos são muito resilientes. Claro, soltá-los é uma história diferente, mas com o desgaste que você descreve, não, arranhões não afetarão sua funcionalidade. Os componentes internos estão afastados da carcaça e são presos por parafusos e metal espesso.
A menos que o disco rígido seja distorcido de forma séria ou tenha caído, você ficará bem.
A única coisa que os arranhões realmente podem fazer é danificar o selo de garantia e anular a garantia.