Parece-me que de alguma forma o nautilus está rodando como root e substituindo o seu desktop. Normalmente isso não deveria acontecer.
No entanto, aqui está uma solução provável. Use:
gksu nautilus --no-desktop
ao lançar o nautilus como root.
Se você tiver o problema de sua área de trabalho sendo alterada como antes, execute:
gksu killall nautilus
ou de um terminal:
sudo killall nautilus
.