O único problema é que existem outras partições no disco rígido que usarão o armazenamento. Também será necessário excluir aqueles com um gerenciador de partição, como "gerenciamento de disco" ou "gparted", e estender a partição raiz para preencher a unidade inteira. A partir daí, sim, você pode excluir os arquivos do Windows e manter os arquivos desejados.