Se você não pode logar remotamente você tem que ir no site ou pelo menos perguntar a alguém localmente: -)
Reinicialize o servidor com alguma distribuição Linux ao vivo, monte o disco rígido do seu servidor e simplesmente mova var de volta com algo como "cd / etc & mv var /" Espero que as permissões não tenham sido alteradas e você estará online em poucos minutos .
Nunca mais faça o login no FileZilla como root.
Você poderia:
1 - coloque uma distribuição Linux ao vivo, algo como fedora live e reinicie o seu sistema com ele. Isto irá inicializar o seu servidor a partir de um novo sistema operacional instalado no usb.
2 - monte discos rígidos físicos. Deve ser fácil também a partir da interface gráfica do fedora.
3- mova de volta / var de / etc onde você acidentalmente caiu. Como você é um novato, experimente o gerenciador de arquivos nautilus, também da interface gráfica do fedora.