Eu acho que é o efeito 'Blur' no Gerenciador de Configurações CompizConfig . Alguns dias atrás eu tentei adicionar blur aos meus Menus transparentes e acabei tendo essas sombras legais (que refletem seu Desktop mas espelhadas verticalmente). Tente desativar o efeito 'Blur' e veja se as sombras desaparecem.