Estou pesquisando como limpar outra situação confusa com o NTFS que não corresponde exatamente ao seu cenário, e suspeito que você possa ter resolvido ou movido até agora, mas caso você ainda esteja trabalhando isso, aqui está uma coisa que está um pouco fora do campo esquerdo, mas pode valer a pena tentar.
Para prova de conceito, inicialmente eu sugiro tentar isso na pasta G: \ treeroot \ some \ deep \ para que você não precise esperar que isso seja "consertado" por toda a árvore ....
Você mencionou que a interface do usuário do explorer não mostra as permissões duplicadas. Então, se você disser ao explorador para deletar qualquer uma das permissões que ele possa ver, ele deixa o outro para trás? O que o Explorer e os iCacls mostram depois de tentar isso?
Se os resultados parecerem "saudáveis", você poderá seguir com cautela e aplicar a mesma abordagem em G: \ TreeRoot