Supondo que não há mais nada nessas linhas (como você não especificou nada) e é sempre exatamente cinco números, você pode usar a expressão regular (\d{5}MSH) como o texto para procurar um apenas substituí-lo por \r\n$0 .
Como Toto apontou, você também pode usar $0\r\n . A diferença seria sempre que os caracteres da nova linha fossem adicionados antes ou depois da sua partida. O resultado (assumindo que o arquivo contém apenas essas linhas de MSH) seria uma linha vazia no início do arquivo ou uma linha vazia na parte inferior do arquivo.