Não tenho conhecimento de nenhuma solução destinada a ser executada nas máquinas virtuais host e de backup. Alguém pode saber de uma solução que faz isso.
Existem sérios desafios técnicos ao backup do que é essencialmente apenas um grande arquivo VHD e tornará a recuperação muito difícil e demorada, se você precisar de algo como um único arquivo restaurado no guest. Há outros possíveis problemas a serem considerados, como cópias de sombra de volume, especialmente se você estiver executando bancos de dados.
Eu recomendo strongmente que você execute os agentes de backup nas máquinas virtuais e faça o backup de cada um, assim como eles são um sistema autônomo completo. Isso permitirá que você recupere uma ou outra das várias maneiras que você esperaria. Não há realmente nenhum motivo para fazer o backup do host. Isso geralmente é reservado apenas para o hipervisor e pode ser reinstalado rapidamente. Se você optar por fazer o backup do host também, verifique se as VMs estão armazenadas em uma partição diferente e se você não está permitindo que o software de backup as toque.
Tenha em mente que isto é simplesmente para backup. Se você está tentando obter alta disponibilidade, o Server 2012 R2 tem algumas opções disponíveis.