Esta provavelmente não é a resposta (mais de um comentário), mas você viu as permissões para o /etc/yum.conf ?
Enquanto tentava instalar o Java no CentOS 6.9 , encontrei um erro:
CRITICAL:yum.cli:Config Error: Error accessing file for config file:///etc/yum.conf
Encontrei alguns tópicos semelhantes, mas nenhum dos conselhos é aplicável.
Depois de fazer uma pequena pesquisa, descobri o seguinte:
A execução de yum -version me dá o mesmo erro.
A execução de whereis yum me dá:
yum: /usr/bin/yum /usr/share/man/man8/yum.8.gz
A execução de rpm -qf /etc/yum.conf me dá:
yum-3.2.29-81.el6.centos.noarch
O Yum não pode ser encontrado em: /etc/yum/
Neste ponto, não tenho ideia se o Yum está instalado ou não, ou quebrado ou não.
Qualquer ideia seria muito apreciada.
Esta provavelmente não é a resposta (mais de um comentário), mas você viu as permissões para o /etc/yum.conf ?