Não há um programa para fazer isso no Linux.
Existe um programa chamado AtomicParsley que irá marcar seus arquivos em um estilo iTunes a partir da linha de comando, mas ele não tem um GUI.
Eu tentei escrever meu próprio programa usando o AtomicParsley como base para marcação, mas provou ser muito arriscado. A marcação está no nível de bytes e pequenas alterações podem corromper seus arquivos para que não sejam reproduzidos.
É lamentável para quem tem grandes bibliotecas vindo de uma configuração do iTunes, mas simplesmente não há nada que leia e analise esses arquivos em uma configuração gráfica.