Não, na verdade, não os renomeia. Mas com certeza vai parecer que sim. O atraso de tempo é realmente um pouco estranho. Eu só posso presumir que é a consequência do fato de você ter vinculado pastas semicríticas a um sistema de arquivos remoto (isso geralmente não é aconselhável). Eu digo semicrítica porque o Windows terá um pouco de medo se não conseguir encontrar essas pastas um dia. Estive lá, fiz isso. Uma opção melhor seria montar as pastas no NAS como subpastas na pasta my-docs de cada usuário.
Na verdade, as pastas não são renomeadas. Eles apenas parecem com isso. Se você clicar com o botão direito do mouse nas pastas no NAS e olhar o caminho mostrado nas propriedades, ele deverá mostrar qual é o nome real da pasta.