Infelizmente, a cópia do disco está lenta. Não há maneira barata de contornar isso.
Parece que o RSYNC é um bom caminho porque você não está sempre querendo copiar todos os dados no disco. Você pode querer verificar se o seu rsync não está pulando com base na soma de verificação (ou seja, nenhum sinalizador -c ou --checksum), supondo que você pode confiar em carimbos de data / hora e tamanho do arquivo. Se o conteúdo do arquivo for alterado (o que parece improvável), você poderá obter uma aceleração significativa fazendo "--inplace --no-whole-file" para copiar apenas os bits que foram alterados.
Claro, existem outras estratégias que vale a pena considerar em um nível de bloco. Mudar para o ZFS (ou DRBD ou Gluster ou MooseFS) e replicar dados em um nível de bloco pode se tornar mais eficiente dependendo do tipo de alterações que você está fazendo, da velocidade do seu tráfego etc.