OK, eu tenho a solução! ... Obrigado a todos que responderam.
Basicamente, eu originalmente tinha o comando:
cd ../home/code/project1/scripts/perl ; /bin/bash (See original post)
Para fazê-lo funcionar, substituí o anterior por
cd ../home/code/project1/scripts/perl; source ~/.bash_profile; /bin/bash
Eu também tentei:
cd ../home/code/project1/scripts/perl; /bin/bash; source ~/.bash_profile
Mas isso não funcionou.