Procure uma maneira de combinar canais de som em vez de procurar um aplicativo de screencast de várias gravações. Como misturar voz e áudio no Ubuntu (cópia do archive.org) descreve como fazer isso com o PulseAudio. Este tutorial parece ser baseado em Projeto de fim de semana: gravação de chamadas do Skype e outros aplicativos no Linux (linux.com). IIRC também são semelhantes em truques espirituais para JACK)