A menos que você esteja fazendo cálculos setoriais em uma tentativa de reivindicar cada byte de espaço livre possível na unidade, não é necessário se preocupar com o alinhamento. Qualquer sistema operacional que suporte EFI está ciente das unidades 512e e 4Kn e sempre alinhará as partições aos limites de 4K por padrão. Você tem que se esforçar para desalinha-los.
Realmente, se você está criando partições manualmente, tudo o que você precisa fazer é garantir que o setor inicial de cada partição seja divisível por 8 (512 bytes * 8 = 4096k) e você deve estar bem.Esteja ciente também de que você não deve alocar os últimos 2048 setores na unidade para qualquer partição. Você não menciona qual sistema operacional você executará, mas o Windows tem problemas com partições que tocam no final da unidade. Existem algumas razões legadas para isso, que são muito para entrar aqui. Mas é uma boa ideia deixar esse espaço sozinho.
Além disso, você deve sempre tornar a partição EFI a primeira na unidade. Se você quiser, é perfeitamente correto fazer essa partição iniciar no setor 40. Esse é o primeiro setor utilizável em uma unidade GPT. Já que você está interessado em fazer pedidos agradáveis, faça 262.103 setores. Isso teria 127.98MB de tamanho. Isso faz com que sua primeira partição de dados no disco comece no setor 262.144 - exatamente 128 MB da frente da unidade.
Se você estiver executando o Windows, você também precisará de uma partição MSR. Isso é o que o Windows chama oficialmente de uma partição "fictícia". Deve ter pelo menos 16 MB de tamanho para o Server 2016 ou 64 MB para o Server 2012.