Eu não penso assim. Quando o banshee verifica a biblioteca, lê os metadados de todos os arquivos. Este é um processo lento, mais se tiver que escanear ~ 250 álbuns (eq para 1300 músicas mais ou menos). Outro fator é a velocidade do disco rígido externo e como ele é conectado ao PC.
% bl0ck_qu0te%Se você fizer isso e adicionar conteúdo ao banshee, você receberá (como você mesmo disse) muitas mensagens de erro indicando que os arquivos de mídia não foram encontrados. Isto é, se você abrir o banshee com o disco rígido externo desconectado.
% bl0ck_qu0te%Resumindo, não há melhor maneira além de ter uma cópia local de sua biblioteca (que usaria ~ 7 GB).