O arquivo de configuração está em ~/.config/pcmanfm/LXDE/desktop-items-0.conf
.
Para alterar a pasta da área de trabalho, altere a configuração folder
.
É assim que meu arquivo parece:
[*]
wallpaper_mode=crop
wallpaper_common=1
wallpaper=/home/mb/images/simple_shapes.png
desktop_bg=#000000
desktop_fg=#ffffff
desktop_shadow=#000000
desktop_font=Sans 12
folder=/home/mb/superSpecialDir
show_wm_menu=0
sort=mtime;ascending;
show_documents=0
show_trash=1
show_mounts=0